Debemos de tener en cuenta que cuando hablamos de la historia de San Juan de Gaztelugatxe nos referimos a la historia de sus elementos arquitectónicos. Haciendo especial hincapié en la ermita. Y es que el islote de Gaztelugatxe, de origen natural, ya estaba frente a la costa vasca antes de que se creasen los primeros núcleos urbanos de la zona. Aunque los primeros registros escritos estan datados en el siglo IX, se cree que la historia de San Juan de Gaztelugatxe se remonta a tiempos más antiguos. Por desgracia, la documentación de esta época es más bien escasa. Aunque hoy en día se trata de un templo religioso, no siempre fue así. En su origen también fue un espacio estratégico para la defensa de Bizkaia. Durante la Edad Media, San Juan de Gaztelugatxe adquirió una importancia estratégica. Se transformó en una fortaleza defensiva contra los ataques de piratas e invasores. Los registros indican que sufrió y resistió varios asedios, incluyendo incursiones de piratas normandos. Razón por la que ha sufrido varios incendios durante toda su historia.
