Nous devons garder à l’esprit que lorsque nous parlons de l’histoire de San Juan de Gaztelugatxe, nous nous référons à l’histoire de ses éléments architecturaux. L’accent est mis sur l’ermitage. Le fait est que l’îlot de Gaztelugatxe, d’origine naturelle, se trouvait déjà au large de la côte basque avant la création des premiers centres urbains de la région. Bien que les premiers écrits remontent au IXe siècle, on pense que l’histoire de San Juan de Gaztelugatxe est encore plus ancienne. Malheureusement, la documentation de cette période est plutôt rare. Bien qu’il s’agisse aujourd’hui d’un temple religieux, il n’en a pas toujours été ainsi. À l’origine, il s’agissait également d’une zone stratégique pour la défense de la Biscaye. Au cours du Moyen Âge, San Juan de Gaztelugatxe a acquis une importance stratégique. Il est devenu une forteresse défensive contre les attaques des pirates et des envahisseurs. Les archives indiquent qu’elle a subi et résisté à plusieurs sièges, y compris des raids de pirates normands. C’est pourquoi il a subi plusieurs incendies au cours de son histoire.
